Tal como lo lees, hemos agregado a la versión cfdi  3.3  el iva a la inversa y se activa así:

Entras a la página
clic en “Facturación”

clic en “Configuración”

En el combo por default tienes NO

cambia el valor a SI

y clic en “Guardar”

¿Para qué sirve?

digamos que tu precio es de 116 pesos, al usar iva a la inversa el importe será de 100 pesos, iva 16 pesos y total a pagar 116 pesos.