Hoy es Sábado 17 de Junio y quiero generar la factura con fecha de ayer Viernes 16.  ¿Se puede?

Si

En “Facturar días atrás” escribe  1  para emitir la factura con fecha de ayer

Puedes emitir una factura con fecha de emisión hasta con 3 días de atraso, 72 horas.