Supongamos que tenemos el siguiente caso:

El motivo es el siguiente. A manera de Ejemplo CFE nos pide esto. Ojo, no podemos alterar los importes que CFE nos pide, ya que de otra manera la factura seria rechazada.

SubTotal 1,000

IVA $ 160
Ret IVA $ 160

Descuento $ 100
Total Neto $ 900 (Este importe correcto es el que debería llegar en la factura)

Si se puede hacer una factura, aunque no es recomendable.

Entrar a tus  Datos Fiscales
clic en “Configuración Avanzada”
activas la casilla “Desactivar cálculos automáticos”
clic en “Guardar Datos”

Clic en “Catálogos de clientes”
seleccionas el cliente
y clic en “Modificar”
activa la casilla “Aplicar retención de iva”
clic en “Guardar”

Selecciona el cliente
agrega el producto, verás que te agrega el producto con cálculos automáticos.

desactivaCalculo1

Ahora, vas a poner las cantidades como se muestra en la siguiente imagen
y observa, que esas nuevas cantidades sustituyen al del cálculo.

desactivaCalculo2

Por último, la imagen siguiente muestra muestra que en XML han caído las cantidades introducidas.

desactivaCalculo3
NOTA: No es recomendable por que no cuadra para nada pero si es posible hacerlo.

Esta opción la dejaremos abierta hasta junio 2016, donde el Sat hará la publicación que los cálculos de cada impuesto se aplicaran por cada producto (cosa que ya se viene haciendo) pero ahora serán agregadas al XML.

Mientras llega ese día, hoy por hoy es posible hacer facturas como

subtotal  1
iva   160
total  500