Desde el inicio, la opción eliminar rfc elimina clientes, productos, facturas, todo lo relacionado con el rfc emisor. Eso, para algunos a resultado en desastre ya que no hay forma de recuperar la información.
Con la nueva versión solo desaparece el rfc en la entrada del programa y si te arrepientes, ingresa de nuevo el rfc emisor y tus datos serán accesibles.
Actualiza tu versión.